Ο Δήμος Νέας Ιωνίας διοικείται από το Δημοτικό Συμβούλιο (33 μέλη), τη Δημαρχιακή Επιτροπή (7 μέλη) και το Δήμαρχο. Η θητεία τους είναι τετραετής.
Δήμαρχος Νέας Ιωνίας, κατά τις δημοτικές εκλογές του Οκτωβρίου 2006, εκλέχθηκε ο Γιάννης Χαραλάμπους, για την τετραετία 2007-2010.
Ο Δήμος Νέας Ιωνίας, έχει υπό την εποπτεία του έξι Νομικά Πρόσωπα Δημοσίου Δικαίου (Ν.Π.Δ.Δ):
- Πνευματικό Κέντρο
- Κέντρο Βρεφονηπιακής Αγωγής και Φροντίδας Οικογένειας
- ΚΑΠΗ
- Αθλητικός Οργανισμός
- Δημοτικός Οργανισμός Νεολαίας (ΔΟΝΝΙΑ)
- Κέντρο Σπουδής και Ανάδειξης Μικρασιατικού Πολιτισμού (ΚΕΜΙΠΟ)